Chaque facture est composée de deux éléments: la liste des prestations accomplies et le montant de la facture. Celui qui peut consulter la facture et la paie est donc informé de la prestation accomplie. Cet état de fait n’est pas modifié avec le décompte électronique des prestations.

Concernant la protection des données, la transmission de la facture via Internet doit également satisfaire à des critères de sécurité très sévères. La codification correspond à celle des services bancaires en ligne et a lieu dans le cabinet médical; le décodage des données est réalisé uniquement au niveau de l'assureur. Durant l’acheminement, les données ne doivent être ni consultées, ni modifiées, ni évaluées, ni recueillies.

Dans le cadre du système du Tiers garant (facturation au patient), il est par ailleurs garanti que la facture ne peut être saisie et consultée par l’assureur que si le patient le souhaite réellement. C’est-à-dire uniquement si le patient envoie réellement la copie de la facture à l’assureur. Il est ainsi garanti qu’aucune donnée ne peut être consultée par l’assureur sans la volonté expresse du patient.